U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan "Kotak Laplace." Terlepas dari pengungkapan Piagam Abad Universal yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtypes, kerangka dunia belum banyak berubah.

Konflik yang kemudian dijuluki "Insiden Laplace" diperkirakan berakhir dengan jatuhnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal sebagai Lengan. Dalam pertempuran terakhirnya, dua mobile suit full psycho-frame menampilkan kekuatan di luar pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran orang, dan mereka sekarang harus benar-benar dilupakan.

Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, kini akan muncul kembali di Earth Sphere. Seekor phoenix emas... bernama Phenex.