Pada tahun 123 Abad Universal, pertempuran antara pemerintah Federasi dan kelompok pemberontak Crossbones Vanguard bergema di seluruh koloni luar angkasa Bumi. Salah satu pertempuran kecil ini pecah di kota kelahiran Seabook Arno muda, memaksa dia dan teman-temannya untuk melarikan diri dan menjerat mereka dalam kekacauan politik yang dengan cepat berkembang menjadi perang habis-habisan.

Seabook bertemu Cecily Fairchild, cucu aristokrat Meitzer Ronah, yang berupaya menciptakan kekuatan politik baru yang disebut "Cosmo Babylonia." Dengan menggunakan Crossbone Vanguard sebagai ototnya, skema keluarga Ronah untuk mengembalikan pemerintahan aristokrat dan membangun sistem ekonomi yang akan menguntungkan kaum bangsawan, sehingga menghancurkan kualitas hidup bagi masyarakat umum di Bumi Sphere.

Seabook ditugaskan untuk mengemudikan Gundam F91, sebuah mobile suit yang dibuat oleh ibunya, dan harus memilih antara melindungi status status quo Federasi atau bekerja sama dengan Cecily untuk menemukan cara hidup yang lebih baik untuk semua.