Ini adalah tahun 0083 Abad Universal. Kerajaan Zeon yang memberontak telah dikalahkan dalam Perang Satu Tahun oleh Federasi Bumi. Namun, faksi sisa-sisa Zeon yang dipimpin oleh Aguille Delaz melarikan diri dari pertempuran terakhir, bersembunyi. Setelah tiga tahun lamanya, mereka mencoba bangkit sekali lagi, mengirim pilot andalan Delaz, Anavel Gato, untuk menyusup ke pangkalan penelitian Federasi guna mencuri salah satu dari dua prototipe Gundam yang dikembangkan secara rahasia beserta hulu ledak nuklirnya yang mematikan.

Terancam oleh Gundam pemberontak dan berusaha mempertahankan perdamaian, Federasi Bumi mengerahkan kapal induk Albion yang baru dikembangkan untuk merebut kembali unit yang dicuri. Dikendalikan oleh pilot uji yang tersisa, dengan pilot pemula Kou Uraki mengemudikan prototipe Gundam yang tersisa, Albion dan awaknya bertekad untuk menghentikan Gato, merebut kembali Gundam yang dicuri, dan mencegah sisa-sisa Zeon memulai perang lain.