Di Universal Century 0088, Anti-Earth Union Group (AEUG) telah muncul sebagai pemenang dalam perangnya dengan Titans Federasi Bumi dengan biaya kerugian yang menghancurkan. Neo-Zeon, faksi ketiga dalam perang yang sebelumnya dikenal sebagai Axis Zeon, tetap sekuat sebelumnya. Dipimpin oleh Newtype Haman Karn, Neo-Zeon telah mengimplementasikan rencana untuk mengambil alih Bumi dan koloni luar angkasa.
Argama andalan AEUG menuju ke koloni Sisi 1 Shangri-La untuk diperbaiki. Tinggal di koloni itu adalah Judau Ashta, seorang pedagang barang rongsokan berusia 14 tahun yang berjuang untuk menghasilkan cukup uang untuk menyekolahkan adik perempuannya. Setelah menemukan pod pelarian yang berisi mantan pilot Titans, Judau dan teman-temannya dengan cepat dibawa ke Argama dengan harapan bisa mencuri mobile suit yang bisa mereka jual dengan harga mahal. Namun, dengan kedatangan kapal Neo-Zeon yang berusaha mengalahkan Argama, Judau dan teman-temannya terseret ke dalam konflik yang akan membawa mereka melintasi ruang angkasa dan Bumi.