Pada tahun 73 M, ketegangan antara Naturals dan Coordinators terus berlanjut, yang akhirnya mengarah ke perang lain antara Earth Alliance dan PLANT. Sven Cal Bayan adalah pilot Alami dari pasukan elit EA, Phantom Pain, dan menjalankan berbagai misi anti-Koordinator pasukannya tanpa gagal. Selene McGriff adalah koordinator peneliti di Deep Space Survey and Development Organization (DSSD) yang netral dan pengembang mobile suit eksplorasi ruang angkasa GSX-401FW Stargazer. Meskipun latar belakang mereka benar-benar berbeda, perang yang meluas tetap akan memaksa jalan mereka untuk bertabrakan.