Tahun 73 M: Meskipun Pertempuran Yachin Due Kedua telah mengakhiri perang antara kaum Naturals dan Coordinators, ketegangan antara kedua ras tersebut kini mencapai titik tertinggi sepanjang sejarah. Dalam sebuah pertemuan antara Ketua PLANT Gilbert Dullindal dan Perwakilan Orb Cagalli Yula Athha, sekelompok tentara membajak Gundam-Gundam buatan ZAFT yang baru dikembangkan. Prajurit ZAFT, Shinn Asuka, bersama teman-temannya di kapal ZAFT Minerva, melakukan serangan untuk menggagalkan pembajakan tersebut. Dengan bantuan pengawal Cagalli, Athrun Zala, Minerva mengejar kapal tak dikenal yang membajak Gundam-Gundam tersebut hingga masalah yang lebih besar muncul, yang memicu dimulainya Perang Bloody Valentine Kedua.

Catatan: Pada Maret 2013, penayangan versi HD Remaster dimulai. Sama seperti HD Remaster Gundam SEED, remaster seri ini tidak hanya memperbaiki kualitas animasi, tetapi juga mengubah dialog dan adegan dari versi aslinya, serta memperkenalkan mobile suit baru. Jumlah episode untuk versi remaster ini adalah 50 episode. Episode rekapitulasi “Refrain” dihilangkan sepenuhnya dari HD Remaster, sedangkan episode terakhir dibagi menjadi dua bagian: “Final Power” dan “The Chosen Future”, yang didasarkan pada acara spesial televisi “The Chosen Future”, dengan tambahan cuplikan adegan.